Danzou Shimura est un chef militaire de Konoha réputé pour la dureté de ses méthodes et opposé dans le passé à Sandaime qui lui, a toujours fait passer la paix avant tout. Par le passé, il a postulé pour le titre de troisième Hokage mais a été dépassé par Hiruzen Sarutobi (on apprend dans le manga comment le deuxième Hokage a désigné son successeur avant une diversion suicide).

Danzou a crée la section « Racine » de l'Anbu qui reste complètement indépendante et sous son contrôle. C'est donc logiquement lui qui a recommandé Sai pour remplacer Sasuke dans l'équipe Kakashi. Il lui a inculqué à l'extrême sa philosophie de dénuement total d'émotion.

D'un point de vue physique, Danzou semble avoir perdu un bras, a un bandage sur son oeil droit, ainsi qu'une cicatrice en forme de croix sur le menton. C'est un partisan farouche des méthodes les plus dures, qui a soutenu la nécessité d'exterminer le clan Uchiha.

Malgré son soutien apparent, Tsunade n'a guère confiance en lui et le soupçonne de fromenter un coup d'Etat. Il s'avère effectivement que Sai a une mission secrète, bien que celle-ci ait pour but de protéger le village : trahir Orochimaru et de tuer Sasuke. Pourtant quand celui-ci échoue il se limite à lui rappeler que "l'émotion apporte la haine et que la haine, apporte la guerre."

Avant son départ pour le pays de la pluie, Jiraya rapelle une dernière fois à Tsunade de se méfier de la Racine... Conseil justifié : pendant l'attaque de Konoha par Pain, Danzou rassemble la Racine pour profiter de la confusion pour prendre le pouvoir. Tsunade étant dans le coma, Danzou en profite pour se faire désigner Hokage malgré l'opposition de Shikaku Nara qui propose Kakashi. C'est donc lui qui se rend au sommet des Cinq Kage.

Malheureusement pour lui, lors des discussions entre les Kage et Mifune, chef du pays du fer, sur la constitution d'une alliance contre l'Akatsuki, Danzou est discrédité lorsque les autres pays réalisent qu'il manipule Mifune grâce à un genjutsu. Danzou possède en effet un sharingan provenant d'Uchiha Shishui. Il profite de la confusion due à l'attaque de Sasuke pour s'enfuir.

Sur le chemin du retour vers Konoha, il est surpris avec ses deux gardes du corps Fuu et Torune par Madara. Ce dernier libère Sasuke qui affronte Dazou. On découvre ainsi qu'outre son Sharingan à l'oeil gauche, il dispose de dix Sharingan sur son bras et du contrôle du Mokuton via une greffe de cellules. Malgré sa puissance, il est vaincu et meurt en tentant vainement d'entraîner Madara et Sasuke dans une technique de scellement inversée des quatre éléments.