Kakashi n'a pas beaucoup changé durant ces deux ans et demi, sinon que son entraînement l'a rendu plus fort. Naruto dit de lui: "Il est plus intelligent que Shikamaru, il a un meilleur odorat que Kiba, il maitrise mieux son Sharingan que Sasuke et possède un meilleur Taijutsu que Gros Sourcils (Rock Lee)". Il est également toujours aussi fan des romans grivois de Jiraya, ce qui permettra à Naruto et Sakura de parvenir à lui prendre ses clochettes. Il se révélera donc un allié indispensable face à l'akatsuki, d'autant qu'il est parvenu à pousser son sharingan jusqu'auMangekyu'o Sharingan, bien que cela l'épuise très rapidement. Son Mangekyu'o Sharingan diffère toutefois légèrement de celui d'Itachi, il lui permet de créer des distorsions dimensionnelles. On ignore pour l'instant comment il a acquis cette technique.

Il se montre également un professeur avisé puisque c'est grâce à ses idées et ses conseils (notamment l'utilisation du Tajuu kage bunshin no justu) qui permettent à Narutode développer le Rasenshuriken. Cela montre  clairement que Kakashi a pris une autre dimension. Tsunade évoque même son nom comme possible nouvel Hokage, malgré son relativement jeune âge (30 ans).

Après avoir mené l'équipe de recherche qui a tenté en vain de retrouver Sasuke, Kakashi se trouve au village de Konoha quand Pain lance son offensive. Mais malgré toutes ses techniques et l'aide du clan Akimichi, Kakashi est impuissant face aux pouvoirs de Pain. Il meurt - ce qui lui permet de parler avec son père - mais sera ramené à la vie grâce au Rinne Tensei de Nagato.

Dans la foulée, il accompagne Naruto au Pays du Fer et de retour à Konoha il est en piste pour succéder à Danzô comme Hokage. Tsunade étant revenu à elle-même il échappe à cette nomination.

Responsable d'un bataillon pendant la guerre, Kakashi bat de nouveau Haku et Zabuza avant de rejoindre (en compagnie de Gaï) Naruto et Bee contre Tobi.

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