Enfin dévoilé au grand jour, le chef de l'Akatsuki, déserteur du pays de la pluie, présente au premier abord une ressemblance physique très frappante avec Naruto, ce qui laisse supposer une relation familiale proche. Il semble être le pilier du fuuin jutsu, le rituel d'extraction des bijuus. Afin de sceller le bijuu de Gaara, il use de la technique du Sceau des 9 dragons. Il invoque également une statue qui semble être le réceptacle des bijuus. Ses connaissances sont donc très poussées, ce qui est confirmé par la technique d'imitation des corps et surtout sa capacité à faire tomber la pluie. Il n'a jamais connu la défaite, et c'est à lui que Tobi confie la tâche d'éliminer Naruto.

Entretemps, Jiraya, qui connait désormais son identité, décide de l'éliminer et part pour Ame. C'est l'occasion pour le lecteur de se faire une idée de la puissance de Pain. Entre autres, il possède un dôjutsu rarissime, le Rinnegan, dont l'étendue du pouvoir n'est pas clairement définie. Mais cette pupille lui permettrait d'animer plusieurs corps en même temps : ainsi Pain est le nom d'un ensemble de six ninjas défunts, et Yahiko, un ancien élève de Jiraya, est l'un d'entre eux. Cependant, le Rinnegan est celui de Nagato, son partenaire. Qui est qui ?

Il est à noter que les six corps de Pain possèdent tous un nom (par exemple, Tendou est celui du cadavre de Yahiko) faisant référence à un élément mythologique bouddhiste : la métempsychose. Et qu'il ne suffirait pas d'abattre les Pain pour venir à bout de celui qui les manipule... De plus, Pain possède à Ame une tour dans laquelle de nombreux corps de rechange sont entreposés.

Vers le chapitre 420, Pain décide de partir pour Konoha dans le but de récupérer Naruto. Mais il se heurte à la solidarité de Konoha, et de nombreux combats s'engagent alors avec les villageois, cela va de Konohamaru à Tsunade elle-même en passant par Kakashi. Les pertes sont lourdes. Finalement, Pain révèle sa capacité effrayante de destruction en annihilant littéralement le village caché de la Feuille...

Et c'est précisément à ce moment-là que Naruto, de retour d'un entraînement visant à lui faire acquérir une puissance semblable à Jiraya par le mode ermite, se retrouve face à Pain. Un combat titanesque s'engage entre l'incarnation du mal et celle du bien. Qui va l'emporter ?