Tobi est le remplaçant de Sasori au sein de l'Akatsuki, il fait donc équipe avec Deidara. Son visage est recouvert d'un étrange masque spiralé muni d'un seul orifice, ce qui, joint à son caractère froussard, entraîne de multiples rumeurs sur son identité (Obito Uchiha, Danzou ?). Au début, ses capacités au combat restent inconnues, avec des techniques d'évitement, mais son caractère peureux, opportuniste et maladroit tranche avec les autres membres de l'organisation et leur froideur glaciale. Il ressemble ainsi fortement à un gamin, ce qui énerve fortement Deidara. Il aurait selon lui abattu Sanbi d'un seul coup, mais cela reste à confirmer.

Il semble avoir péri dans l'explosion de Deidara, c'est pourquoi la surprise est totale quand Tobi réapparaît avec une personnalité toute différente en tirant les ficelles de l'Akatsuki  (il donne ses ordres à Pain) et en dévoilant sa maîtrise du Sharingan hérité du mythique Uchiha Madara, qui est selon lui sa véritable identité. Cette hypothèse a priori absurde (il devrait être mort depuis longtemps) semble pourtant se confirmer par la suite. Tobi passe ainsi du rôle de personnage secondaire à celui de personnage-clé de l'histoire du manga.

Dès lors, il n'a de cesse de se présenter sous cette identité, en particulier face à son descendant, Sasuke. C'est lui qui l'informe de la "vérité" sur le massacre du clan Uchiha, après un semblant d'affrontement avec Naruto et une équipe de Konoha.  Il dévoile l'histoire de la rivalité entre le clan des Senjû auquel appartenait Shodaime Hokage et le clan Uchiha et sa défaite face au Premier Hokage. Le clan Uchiha, rallié à Konoha, tenta un coup d'Etat dirigé par le père de Sasuke, Fugaku, fut exterminé... par Itachi, sur ordre de Konoha (et notamment de Danzou, son chef dans l'Anbu Racine). Déchiré mais persuadé d'agir dans l'intérêt de Konoha, Itachi tua père, mère, ami(e)s, mais épargna volontairement son jeune frère.

Sasuke, abasourdi par les paroles de Madara se rallie alors à l'Akatsuki. Tobi/Madara lui remet immédiatement son ordre de mission : capturer Hachibi, dernier réceptacle à lui manquer à l'exception de Naruto. Le combat avec Hachibi est intense, mais le bijuu parvient à s'échapper. Naruto parvient également à vaincre Pain. En dépit de ses deux échecs, Pain décide d'agir sans attendre : l'Akatsuki a fait trop de dégâts et ne peut plus agir en secret. Madara envoie alors Sasuke au sommet des Cinq Kage, afin d'éliminer un ou deux ennemis potentiels pour lui. Kisame est chargé de capturer Hachibi après l'échec de Sasuke.

Faisant irruption au sommet des Kage, Tobi expose alors son plan avec un culot incroyable : dominer le monde grâce au pouvoir du Sharingan (plan de l'oeil de la Lune). Devant leur refus de se soumettre, il déclare alors la quatrième grande guerre ninja.

En guise de préparatifs, Tobi s'allie à Kabuto et affrontera Konan, à Ame, pour mettre la main sur les pupilles de Nagato. Il se greffera un Rinnegan à l'oeil gauche et, le conflit venant, il changera de masque pour en porter un à deux orifices, qui évoque l'oeil de Jûbi.

Faisant des anciens réceptacles ramenés à la vie par Kabuto sa garde rapprochée, Tobi affronte Naruto et Bee.

Spoiler

Voir aussi : fiche d'Uchiha Madara