Fils de Tajima Uchiha, Madara naît dans une période marquée par des conflits incessants. Il perd plusieurs frères au combat, ne conservant qu’Izuna, qu’il jure de protéger. Par hasard il fait la connaissance d’Hashirama Senju avec qui il se lie d’amitié. Les deux jeunes hommes forment le rêve d’un endroit où les enfants ne seraient plus obligés de se battre, où la paix pourrait exister. Leurs clans respectifs découvrent leur rencontre et souhaitent les instrumentaliser : cela scellera la fin des rendez-vous entre Madara et Hashirama.

Devenu leader du clan Uchiha, Madara reçoit une proposition de trêve de la part d’Hashirama – devenu dans le même temps leader du clan Senju – à laquelle il ne répond pas. Ce dernier la lui propose de nouveau quand ils se croisent sur le champ de bataille, alors qu’Izuna vient d’être mortellement blessé par Tobirama. Madara finira par l’accepter plus tard, alors qu’Hashirama lui a donné la preuve qu’il avait du cran et que Madara pouvait lui faire confiance.

Le village de Konoha sort alors de terre, là où Madara et Hashirama avaient évoqué leur rêve. Ce dernier lui propose le poste de Hokage afin qu’il veille sur le village. Tobirama torpille cette idée pour qu’Hashirama soit élu à la place. Lâché par son clan, Madara finit par quitter le village pour suivre sa propre voie.  

Il revient pour affronter Hashirama dans le combat qui a donné naissance à la vallée de la Fin. Le premier Hokage est alors sûr de l’avoir tué pour défendre le village. A l’heure actuelle on ne sait pas comment Madara a survécu à ce combat.

Par la suite, il s’est greffé des cellules d’Hashirama et vers la fin de sa vie a réussi à éveiller le Rinnegan. Il a alors invoqué le Gedô Mazô (le corps sans chakra du Jûbi que le Sage avait scellé dans la Lune) et il greffera son Rinnegan sur un jeune Uzumaki nommé Nagato. Pour continuer à vivre, Madara sera relié 24h/24 au Gedô Mazô ne pouvant plus sortir de la grotte où il se trouve jusqu’à ce qu’Obito arrive.

A ce dernier Madara révèle son plan Œil de la Lune : utiliser les arcanes lunaires infinis en devenant le réceptacle de Jûbi pour créer un monde sans guerre. Il se déconnecte du Gedô par la suite et meurt (Obito se faisant passer pour lui), attendant d’être ramené à la vie via le Rinne Tensei pour devenir le réceptacle de Jûbi.

Lors de la guerre, Kabuto le ressuscitera avec l’Edo Tensei , dans une version « améliorée » où il peut, notamment, utiliser les techniques Mokuton d’Hashirama. Il se libère de l’emprise de Kabuto et met les cinq Kage qui l'affrontaient hors combat pour rejoindre Obito alors que le Gedô Mazô a commencé à devenir Jûbi.

Contre toute attente, plutôt que de ressusciter Madara, Obito devient le réceptacle de Jûbi et lance la dernière phase du plan Oeil de la Lune. Affrontant un Hashirama ramené à la vie par Orochimaru Madara semble perdre de vue son objectif. Il n'en est rien : Madara attend son heure. Profitant de la défaite d'Obito (qui relâche les Bijû) et d'une tentative de ce dernier pour ramener des morts à la vie avec le Rinne Tensei Madara le contrôle (via le noir Zetsu) et se ressucite.

Un Madara mortel et sans ses yeux voit donc le jour en lieu et place du Madara version Edo Tensei. Ayant au préalable immobilisé Hashirama grâce aux bâtons noirs du Rinnegan, il va lui voler son chakra senjutsu et affronter les Bijû. Blessé par ces derniers mais toujours debout Madara se régénère (grâce aux cellules d'Hashirama) et voit le blanc Zetsu lui apporter son oeil droit. Les choses sérieuses vont commencer !

Madara invoque le Gedô Mazô présent en Obito. Kakashi parvient toutefois à priver la statue d'un bras. L'Uchiha use ensuite de son Rinnegan pour frapper les Bijû. Il les scelle en Jûbi avant de devenir son réceptacle. Désormais, il ne lui reste plus qu'à récupérer son oeil gauche pour être complet.