Naruto est de retour et a bien grandi, mais n'a pas changé et est toujours aussi désireux de ramener Sasuke. Bien qu'étant toujours officiellement un genin, il passe un test probant aux côtés de Sakura en parvenant à prendre les clochettes à Kakashi dont il intègre l'équipe avec Sakura. Alors que Tsunade désire le ménager (et le protéger, car il est une cible de l'Akatsuki), le rapt de Gaara change la donne et Naruto est envoyé au Pays du Sable où il fera tout pour le sauver.

Il doit ensuite cohabiter avec de nouveaux équipiers, Sai et Yamato, ce qui se révélera difficile, la diplomatie n'étant pas son fort. L'équipe Kakashi parvient enfin à retrouver Sasuke, mais hélas une fois encore Naruto se révèle trop faible pour le retenir. Au cours de l'expédition, on découvre le danger que représente Kyûbi quand il parvient à posséder Naruto car celui-ci perd le contrôle de ses émotions et de lui-même. Kakashi décide alors delui enseigner une nouvelle technique de rang S, sa propre technique, en utilisant le Tajû kage bunshin pour démultiplier la vitesse d'apprentissage et permettre à Naruto d'assimiler le changement de forme et de nature du chakra (de type vent pour lui). Le Rasenshuriken se révélera très efficace contre Kakuzu, mais les dangers de son utilisation amèneront Tsunade à lui en interdire l'utilisation.

Jiraiya mort,  on apprend l'identité des parents :de Naruto  rien de moins que le Yondaime (Namikaze Minato) et une ninja du pays des tourbillons, Uzumaki Kushina. Naruto est donc l'héritier du Quatrième Hokage, et une responsabilité énorme pèse sur ses épaules: stopper Pain qui arrive à Konoha, déterminer à le capturer. Afin d'y faire face, Naruto a subi l'entraînement de son maître Jirayia auprès des grenouilles du mont Myoboku et a maîtrisé le "mode sennin" c'est-à-dire l'usage du chakra présent dans la nature ce qui renforce considérablement ses capacités. Il parvient finalement à vaincre Pain et à le convaincre de ressuciter, avant sa mort, l'ensemble des morts du village par un jutsu que lui seul maîtrise. Naruto est désormais considéré par le village comme un héros.

Naruto continue, contre toute raison, à croire que Sasuke peut être sauvé et va jusqu'à rencontrer en personne le Raikage pour lui demander sa grâce, ce que bien évidemment ce dernier refuse. Madara révèle alors à Naruto, Kakashi et Yamato la véritable (selon lui) histoire d'Itachi et les motifs qui animent Sasuke, irrémédiablement dévoré par la haine du fait de la malédiction du clan Uchiha. Naruto refuse d'y croire et repousse également Sakura lorsque celle-ci veut le délier de sa promesse de ramener Sasuke et lui déclare ses sentiments.

Parti à la poursuite du groupe lancé à la poursuite de Sasuke, Naruto rattrape juste à temps Sakura pour la sauver de Sasuke. Celui-ci, durement éprouvé par ses combats précédents, se replie alors avec l'aide de Madara. De retour à Konoha, Naruto annonce à ses amis sa décision de combattre Sasuke seul : il est désormais conscient qu'il s'agit du seul moyen de l'arrêter. Il est alors invoqué au Mont Myouboku par Oogama Sennin, qui lui annonce qu'il va rencontrer Killer Bee (quelqu'un avec des tentacules) et devra combattre Sasuke ("un jeune homme avec des yeux très puissants").

Les Cinq Kage ayant décidé de cacher les Bijuu encore libres,  Naruto se rend sur une île mystérieuse du Pays de la Foudre où il rencontre Killer Bee. Motoi le conduit alors aux "chutes de la vérité", ou Naruto doit débuter un difficile combat contre lui-même... Combat qu'il remporte brillamment et qui lui ouvre la voie à un autre combat, contre Kyûbi.

Bien qu'aidé par Killer Bee Naruto éprouve du mal à battre Kyûbi et à s'emparer de son chakra. Alors que le démon renard semble gagner, la mère de Naruto intervient. Cette rencontre et ce qu'elle enseigne à Naruto lui permette de voler le chakra de Kyûbi et de l'enfermer. Désormais Naruto possède un nouveau mode : le mode chakra de Kyûbi !

Avec le début de la guerre, Naruto finit par réaliser qu'on lui cache quelque chose. Il quitte l'île avec Killer Bee et se dirige vers le champ de bataille car il souhaite mettre lui-même un terme à cette guerre !

Il se ravisera par la suite en bénéficiant de l'aide des Kages et de ses amis pour affronter Tobi, Madara et Jûbi.

Spoiler