Yahiko est un enfant du village de la pluie (Ame) rencontré par Jiraiya, Orochimaru et Tsunade pendant la grande guerre des ninjas. Ayant perdu ses parents, il erre en compagnie de deux camarades, Konan et Nagato, afin de survivre. Il a un fort caractère et se met volontiers en avant, alors que ses compagnons sont lplus timides. Touché par leur situation, Jiraiya décide de retarder son retour à Konoha pour les entraîner et leur apprendre à survivre et les quitte trois ans.

Malheureusement, quand Jiraiya retrouve Yahiko, c'est dans le village d'Ame où il s'est infiltré. Yahiko est mort depuis longtemps et est désormais une marionnette manipulée par Pain : dénommé Tendou (royaume de Dieu), il a notamment la capacité de contrôler la gravité.