Yamato est un membre de l'Anbu auquel on a confié la direction de l'équipe Kakashi (dont il a été l'élève) pendant que Kakashi est à l'hôpital. Il est réputé être le plus fort de l'Anbu. On comprend bientôt pourquoi il a été choisi par Tsunade dont il a toute la confiance, en effet, outre ses capacités exceptionnelles, Yamato possède la capacité de contrôler le pouvoir des bijuus grâce au Mokuton no Jutusu, la technique du Shodaime ! En effet, il est issu des expériences génétiques d'Orochimaru, ce dernier essayant de recréer un homme disposant de cette affinité si spéciale en testant des échantillons cellulaires du premier Hokage sur des nouveaux nés. Yamato possède ainsi les gènes du premier Hokage, ce qui lui permet d'effectuer le Mokuton en combinant ses deux affinités, la terre et l'eau. Ainsi, Yamato peut contenir les débordements du chakra nocif de Kyuubi chez Naruto.

En tant que jounin, Yamato est un chef avisé, un fin tacticien et sait garder son calme dans les situations les plus périlleuses. Comme tous les Anbus, on ne sait pas beaucoup de choses sur lui : comme Sai, Yamato est un nom d'emprunt ; Kakashi l'appelle ainsi Tenzô, ce qui pourrait être son véritable nom. De prime abord il semble ouvert et sympathique, il peut cependant s'avérer très dur quand on le met en colère. Il a toute la confiance de Tsunade ; avec lui, l'équipe Kakashi est entre de bonnes mains. C'est grâce à lui que Naruto va pouvoir développer sa nouvelle technique, le Rasenshuriken. Il témoigne beaucoup de respect pour Kakashi, qui a apparemment été son senpai (maître), ce qui est compréhensible quand on sait que Kakashi faisait autrefois lui aussi partie des forces spéciales.

Yamato fait ensuite partie de la mission de recherche d'Itachi et Sasuke. Lorsque celle-ci se heurta à une forêt entière devastée par Amaterasu, il utilisa une technique doton afin de contenir les flammes et permettre à l'équipe de poursuivre sa route - mais en vain.